Para la concreción tanto de sus objetivos académicos como de integración regional, FLACSO Argentina ha estimulado en los últimos años el trabajo asociado con una variada cantidad de instituciones, tanto públicas como privadas, así como también del tercer sector. A su vez, esta red se ha extendido a nivel nacional e internacional. Esta amplia gama de convenios e intercambios posibilita el mutuo aprendizaje y la generación de lazos con la sociedad y sus instituciones. Algunas de las instituciones con las que FLACSO se ha asociado son:

Universidades públicas o privadas de nuestro país: Universidad Nacional del Litoral (Facultad de Ciencias Económicas), Universidad Nacional de Rosario, la Universidad de Buenos Aires (diversas Facultades), la Universidad de San Andrés,  Universidad Nacional de Tres de Febrero, Instituto Universitario Nacional de Arte (IUNA), Universidad Nacional de Quilmes , Universidad Torcuato Di Tella.

Universidades o instituciones académicas en el extranjero: Universidad Técnica Particular de Loja (Ecuador), Universidad de Barcelona (España), Universidad Autónoma de Madrid (España), Universidade Estadual de Campinas (Brasil), Fondation Nationale des Sciences Politiques (Sciences Po, Francia), la Florida Internacional University, Georgetown University.

Institutos de investigación de la Argentina: Instituto de Desarrollo Económico y Social (IDES), Instituto de Altos Estudios Sociales  (IDAES), Centro de Estudios de Estado y Sociedad (CEDES).

Organismos públicos de gobierno: Secretaría de Derechos Humanos, Ministerio de Educación Ciencia y Tecnología, Ministerio de Planificación Federal, Inversión Pública y Servicios, Instituto de Estadísticas y Censos, Honorable Senado de la Nación, entre otros. Honorable Cámara de Senadores, Legislatura de la Ciudad de Buenos Aires.

Fundaciones, Organizaciones de la Sociedad Civil, ONGs, Centro de Implementación de las Políticas Públicas para la Equidad y el Desarrollo (CIPPEC), Fundación Ford, Fundación Carolina, Fundación Repsol YPF

Asimismo, la FLACSO desarrolla una variedad de Proyectos de Investigación que fomentan el trabajo conjunto entre investigadores de diferentes países, en pos de generar nuevos conocimientos en una perspectiva de análisis regional, que permita integrar saberes y experiencias locales en el tratamiento de problemas que atraviesan toda América Latina.