Las actividades de formación de posgrado del Programa comenzaron en el año 1983 con el Certificado de Estudios Superiores en Bioética, constituyendo una de las primeras formaciones de posgrado en bioética de la Argentina. Actualmente se dictan el Diploma Superior en Bioética, el Programa de Capacitación en Ética de la Investigación y seminarios intensivos acerca de temas relevantes para la bioética. Asimismo, está proyectada la ampliación de la formación de posgrado para el año 2011

Desde 1999 FLACSO alberga el Programa de Capacitación en Ética de la Investigación financiado por el Fogarty International Center. El objetivo del Programa es capacitar a profesionales de la salud y de las ciencias sociales en temas de ética de la investigación.

Así también, el Programa Bioética alberga una propuesta de enseñanza teórico-práctica, en Cuidados Paliativos, que complementa los temas abordados en los diferentes cursos virtuales y presenciales del área. 

El Programa Bioética incluye, como proyecto editorial, la edición semestral de la revista Perspectivas Bioéticas. Se trata de la primera revista de bioética en habla hispana de la región. El primer número fue publicado en 1996 y actualmente hay 25 números publicados.

Desde hace más de cinco años el Programa Bioética creó el Observatorio Argentino de Bioética con el fin de promover un enfoque crítico y no dogmático de la bioética en el campo de la salud. En la actualidad cuenta con dos documentos publicados y está proyectada la publicación de un tercer documento.

El Programa de Bioética de la FLACSO es uno de los Programas más prestigiosos de la región de aquellos especializados en Bioética. No sólo es el único Programa de Bioética en las diferentes sedes académicas de FLACSO sino que resultó ser un área especialmente innovadora; promovida desde sus inicios por su Director Daniel Filmus. 

El Programa cuenta con gran reconocimiento internacional, y trabaja conjuntamente con universidades e instituciones de los EE.UU., España y con diferentes organismos internacionales; no sólo a través de proyectos conjuntos (como Fogarty Training Program), AECI (Agencia Española de Cooperación Internacional) con la Unión Europea, sino también con el establecimiento de coordinaciones de programas internacionales. 

Se trata de un Programa consistente e innovador, que ha ido creciendo e incorporando nuevas propuestas a lo largo de los años, y se ha posicionado como un referente tanto nacional como internacional de la bioética. Actualmente, el Programa Bioética es el coordinador de la primera Red Iberoamericana de Bioética (Ibero-American Network of Bioethics), que depende de la IAB (International Association of Bioethics), la más antigua y reconocida asociación de Bioética a nivel mundial. Otros centros que funcionan como sub-coordinadores de dicha Red son el centro Anis en Brasil, el Colegio de Bioética de México y la Universidad de Barcelona en España. 

Asimismo, el Programa de Bioética representa a los países en vías de desarrollo en el Global Forum on Research Ethics, cuya sede se encuentra en Ginebra. Otros miembros del mismo son la OMS (Organización Mundial de la Salud), el NIH (National Institutes of Health) de los EE. UU. y el INSERM (Institut national de la santé et de la recherche médicale) de Francia. 

Finalmente, el Programa de Bioética también es sede de FLACEIS (Foro latinoamericano de miembros de comités de ética en investigación en salud, Capítulo Argentino).  Desde hace ocho años FLACEIS desarrolla sus actividades en la FLACSO, donde se realizan reuniones bimensuales de los comités de ética de investigación.