Históricamente, la cooperación con otras instituciones locales e internacionales, públicas y de la sociedad civil, ha sido una marca de la FLACSO Argentina, que busca así afianzar el diálogo permanente y el trabajo de construcción conjunto con otros actores.
Dada la trayectoria académica y de formación y la capacidad de gestión, la FLACSO Argentina articula proyectos y programas de cooperación con distintos ministerios nacionales, organismos internacionales, fundaciones e instituciones de formación locales y extranjeras.
Tanto a nivel institucional desde la Dirección de FLACSO Argentina como en las distintas Unidades Académicas se desarrollan proyectos de cooperación técnica, monitoreo y evaluación de políticas y programas sociales y convenios específicos de formación y producción conjunta de conocimiento.
A su vez, desde el año 2010, se creó la Unidad de Cooperación Internacional, dedicada a promover los vínculos de la FLACSO con instituciones académicas y de financiamiento internacionales.
El 28 de noviembre de 2019 se llevó a cabo la firma del Convenio con el objetivo de generar proyectos de cooperación conjuntos para la formación de trabajadores de la Biblioteca, así como un sistema de becas y el intercambio de recursos.
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La red ha sido creada en el marco del Laboratorio de Metodología Cualitativa mediante un convenio entre la FLACSO Argentina y ATLAS.ti Américas con objetivos académicos y de difusión.
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El 29 de septiembre de 2019 se firmó un convenio entre la FLACSO Argentina y la Fundação Escola da Magistratura do Trabalho do Rio Grande do Sul.
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