Históricamente, la cooperación con otras instituciones locales e internacionales, públicas y de la sociedad civil, ha sido una marca de la FLACSO Argentina, que busca así afianzar el diálogo permanente y el trabajo de construcción conjunto con otros actores.
Dada la trayectoria académica y de formación y la capacidad de gestión, la FLACSO Argentina articula proyectos y programas de cooperación con distintos ministerios nacionales, organismos internacionales, fundaciones e instituciones de formación locales y extranjeras.
Tanto a nivel institucional desde la Dirección de FLACSO Argentina como en las distintas Unidades Académicas se desarrollan proyectos de cooperación técnica, monitoreo y evaluación de políticas y programas sociales y convenios específicos de formación y producción conjunta de conocimiento.
A su vez, desde el año 2010, se creó la Unidad de Cooperación Internacional, dedicada a promover los vínculos de la FLACSO con instituciones académicas y de financiamiento internacionales.
El 4 de septiembre de 2020 se concretó la firma para la realización de distintos cursos virtuales de formación política para mujeres de América Latina y el Caribe. La iniciativa es liderada por ONU Mujeres, PNUD e IDEA Internacional.
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La FLACSO Argentina, CAF- Banco de Desarrollo de América Latina y la Fundación Crear Vale la Pena sellan una alianza de cooperación que visibiliza el arte y la creatividad como herramientas clave para transformar la enseñanza.
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Se concretó la firma de dos convenios, uno de cooperación y asistencia técnica, y uno específico de capacitación de los/as trabajadores/as de la Subsecretaría de Juventudes y Diversidades Chaco en el Programa Juventud de FLACSO
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