Históricamente, la cooperación con otras instituciones locales e internacionales, públicas y de la sociedad civil, ha sido una marca de la FLACSO Argentina, que busca así afianzar el diálogo permanente y el trabajo de construcción conjunto con otros actores.
Dada la trayectoria académica y de formación y la capacidad de gestión, la FLACSO Argentina articula proyectos y programas de cooperación con distintos ministerios nacionales, organismos internacionales, fundaciones e instituciones de formación locales y extranjeras.
Tanto a nivel institucional desde la Dirección de FLACSO Argentina como en las distintas Unidades Académicas se desarrollan proyectos de cooperación técnica, monitoreo y evaluación de políticas y programas sociales y convenios específicos de formación y producción conjunta de conocimiento.
A su vez, desde el año 2010, se creó la Unidad de Cooperación Internacional, dedicada a promover los vínculos de la FLACSO con instituciones académicas y de financiamiento internacionales.
La Unión de Educadores de la Provincia de Córdoba y la FLACSO Argentina firmaron un acuerdo que contempla la difusión de propuestas académicas y la otorgación de becas a afiliados.
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La sede FLACSO Argentina está cooperando, a través del Programa Planificación Participativa y Gestión Asociada (PPGA), con la sede FLACSO República Dominicana, en la implementación de una política pública nacional del país caribeño.
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Temas, problemas y nuevos abordajes de investigación en las tesis doctorales. El Doctorado de FLACSO Argentina y la Editorial Teseo firmaron un convenio para la publicación de una Colección de Tesis de egresados/as del Programa.
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