Desde sus inicios en el año 1974 la FLACSO Argentina promueve las actividades y programas de cooperación técnica con otras instituciones púbicas y privadas, nacionales, regionales e internacionales con el fin de expandir el alcance de las propuestas y de consolidar redes de construcción e intercambio de conocimiento.

En este sentido, la FLACSO viene afianzando una dinámica de trabajo conjunto con instituciones tales como: Ministerio de Educación de la Nación, Ministerio de Relaciones Exteriores y Culto, Ministerio de Agricultura, Ministerio de Ciencia, Tecnología e Innovación Productiva, Ministerio de Planificación Federal, Ministerio de Justicia, Instituto Nacional de Formación Docente (INFOD), Educ.Ar – Canal Encuentro, UNESCO, ONU, entre otros.