La trayectoria intelectual de Ángel Flisfisch podría caracterizarse por su permanente actitud crítica que para el filósofo español José Luis López Aranguren, es la tarea de un intelectual: «Gobernar es cosa diferente de criticar y soñar, tareas estas últimas, propias de los literatos e intelectuales». Una actitud que se logra cuando se reúnen las dos características que plantea el también filósofo español Julián Marías propias del intelectual: la claridad y la impavidez. Ambas estrechamente conexas, la una proveniente de la otra: «El intelectual es impávido porque ve las cosas claras, sabe que ellas ‘son así’, hay que aceptarlas como son. Y la inversa, ve las cosas claras porque no se deja llevar ‘por la conveniencia, el favor, la moda, el temor; porque es impávido’… una vez más, se trata de la entereza de la condición de hombre entero».

La crítica, la claridad y la impavidez intelectual de Ángel están acompañadas también con otro elemento constitutivo en su modo de ser y pensar como es la provocación y el desafío. Como él mismo ha dicho de sí: “lo primero que quiero destacar es que yo tengo un mal hábito, una pésima característica, digamos, de reflexionar elaborando provocaciones”.

Tal modo de proceder intelectual tiene su referente en el pensamiento y la conciencia crítica que se gestó en la región durante la década de los sesenta del siglo XX. Sin duda alguna Ángel pertenece a una generación de intelectuales chilenos y latinoamericanos que desde entonces se dieron a la tarea de repensar el continente y cada una de sus naciones desde una perspectiva y conciencia crítica de cambio, pero basado en un análisis académico y científico desde las ciencias sociales, sobre las causas del subdesarrollo y su debilidad democrática para proponer teorías de cambio, como la teoría de la dependencia y demás planteamientos teóricos para acompañar los procesos de transición política de la región.

Una de las características de Ángel en este proceso, es que sus aportes intelectuales han sido principalmente desde una instancia clave en el desarrollo de las ciencias sociales en la región como es la FLACSO, ya que Ángel se incorporó desde muy temprano a esta institución al ser egresado de la tercera promoción de la Escuela Latinoamérica de Ciencias Políticas (ELACP) de la FLACSO. Desde entonces hasta el presente, como pocos, Ángel ha vivido tres momentos dentro de esta institución: el de estudiante, el de profesor investigador y el de director.

Ángel a la vez que ha sido uno de los primeros latinoamericanos formados en FLACSO, es también uno de los principales artífices en su sostenibilidad especialmente en Chile, jugando junto con los de su generación un papel decisivo en la continuidad de una ciencia social crítica y propositiva aún en los momentos más difíciles de la dictadura chilena, hasta ser con su pensamiento un contribuyente especial en la transición hacia la democracia en Chile y en el modelo de concertación política.

Ya desde inicios de la década de los 80 Ángel reflexionó a profundidad sobre el compromiso democrático de la política y sobre el modelo requerido de concertación política para Chile y América Latina. Como cientista político formado en la FLACSO y en Norteamérica, se ha dedicado a analizar lo político y la política tal como se puede ver en sus trabajos:

• Estudios sobre el sistema de partidos en Chile (1985)
• La política como compromiso democrático (1987)
• “Gobernabilidad y consolidación democrática: sugerencias para la discusión”, En: Revista Mexicana de Sociología, #3, Julio- Septiembre, 1989
• Estado de Ciudadanía. Transformaciones, logros y desafíos del Estado en América Latina en el siglo XXI. Buenos Aires: Sudamericana, PNUD, AECID, 2011. 368 pp. ISBN: 978-950-07-3681

Así, Ángel dentro su producción intelectual, si bien es un analista de la política, desde ahí también se ha hecho cargo de la reflexión y análisis de temas sumamente importantes como son el quehacer de los intelectuales en la cultura, la crítica a los modelos económicos y a las ciencias sociales en América Latina.

Son significativos sus aportes a la FLACSO y a las ciencias sociales, en temas como el proceso de institucionalización, la generación de conocimiento y especialmente en la vinculación de este conocimiento al desarrollo político de la región y de su país Chile.

Desde esta trayectoria intelectual al reflexionar sobre las ciencias sociales en América Latina en su pasado, presente y futuro, Ángel ha planteado un reto y un quehacer para la FLACSO del siglo XXI, al señalar lo siguiente:

“Quizás la misión de FLACSO en el presente-futuro consista en desempeñar un rol importante en debilitar estos efectos negativos, esto es, que realmente cobren importancia los canales entre el conocimiento que se produce y los públicos masivos, que los canales de apropiación de conocimientos para ámbitos políticos se creen y se consoliden y se refuercen, y que volvamos a tener esas visiones intuitivas que logran dar en las dos o tres dimensiones mayores que nos puedan explicar lo que estamos viviendo en esta época oscura”.